האסיפה הכללית או הוועד רשאים להקים וועדות נוספות לפי הצורך ובכלל זה ועדת בחינות. ועדות המשנה תהיינה כפופות לוועד האיגוד. הוועד יחזיק בידיו את מלוא הסמכויות בהעדרן של וועדות נוספות. בעיות שאינן מוצאות את פתרונן במסגרת ועד האיגוד יופנו למוסדות המתאימים של ההסתדרות הרפואית בישראל.