מזכיר האיגוד ייבחר על ידי הוועד ומבין חבריו ברוב קולות. מתפקידו לדאוג לעריכת פרוטוקולים של ישיבות הוועד, לבצע את ההתכתבויות של האיגוד, לדאוג לרשימה מעודכנת של החברים וכתובותיהם, וכמו כן עליו להודיע לחברים על פגישות, אסיפות ותוכניות. סמכויותיו ותפקידיו מפורטים בסעיף 339 לתקנון הר"י.
בהיעדר המזכיר, ימלא את מקומו היו"ר או הגזבר.