קיימים ארבעה סוגי חברים באגוד:
א. חבר מן המניין: חבר בעל תעודת מומחיות בניאונטולוגיה בישראל או במדינה אחרת שהמומחיות שלה מוכרת על ידי הר"י.
ב. חבר נלווה: מתמחה בניאונטולוגיה, מומחה ברפואת ילדים המתעניין בניאונטולוגיה, רופא שאינו מומחה ואינו מתמחה ועיקר עיסוקו בניאונטולוגיה, או מומחה במקצוע רפואי אחר המשיק לניאונטולוגיה.
ג. חבר שלא מן המניין: מדענים, חוקרים וחברים מהמקצועות הפרא-רפואיים, שהם בעלי עניין מיוחד בניאונטולוגיה, וכן אחיות, פזיותרפסטיות, עובדות סוציאליות ופסיכולוגים העוסקים בניאונטולוגיה.
ד. חבר כבוד: רופא מהארץ או מחו"ל אשר הצטיין בהישגים מיוחדים ותרם בשטח הניאונטולוגיה או בשטח רפואת הילדים או בפעילותו למען צבור הרופאים והרפואה בישראל.
ה. חבר שיצא לגמלאות ימשיך להיות חבר באותו המעמד.
ו. תנאי מוקדם לחברות באיגוד היא תשלום של דמי החבר באגוד למעט חבר כבוד הפטור מדמי חבר.